種水平的精細組成圖
上圖中，橫坐標依據樣本名排列，每一個柱形圖代表一個樣本，并以顏色區分各分類單元，縱坐標代表各分類單元的相對豐度，柱子越長，該分類單元在對應樣本中的相對豐度越高。
組間差異顯著的種水平分類單元的豐度分布小提琴圖
上圖中，橫坐標為組間差異顯著的種水平分類單元，縱坐標為各分類單元在各樣本（組）內的序列量，以小提琴圖結合箱線圖的形式展示：其中，小提琴圖可以直觀地顯示數據的分布特征，“小提琴”的“胖瘦”反映了樣本數據分布的密度高低（寬度越寬，表明該序列量水平所對應的樣本越多）；箱線圖邊框代表上下四分位數間距（Interquartile range，IQR），橫線代表中位值，上下觸須分別代表上下四分位以外的1.5倍IQR范圍，符號“?”表示超過范圍的極端值。
種水平關聯網絡分析圖
上圖中，各節點的圓圈代表種水平的各分類單元，以不同的顏色標識，節點之間的連接表明兩個物種之間存在相關性，紅線表明正相關，綠線表明負相關。通過某節點的連接越多，表明該物種與菌群中其它成員的關聯越密切。
菌群代謝功能預測的KEGG直系同源基因簇（KO）豐度熱圖
上圖中，樣本先按照彼此之間功能類群豐度分布的相似度進行聚類，根據聚類結果橫向依次排列。同理，功能類群也按照彼此在不同樣本中分布的相似度進行聚類，根據聚類結果縱向依次排列。圖中，紅色代表在對應樣本中豐度較高的功能類群，綠色代表豐度較低的功能類群。
