MeRIP-seq 技術主要用于mRNA 甲基化檢測，其測序數據處理主要包括讀段定位、峰檢測(peak calling)、差異甲基化檢測及剪接異構體層次的相關處理。
我們對搜索到的Peaks進行基本信息統計，包括長度分布，及Peaks上的序列覆蓋度等。
Peaks基本信息統計
Sample | Peak_Count | Peak_Sum_Length | Peak_Mean_Length | Tag_Sum_Count | Tag_Mean_Count |
A | 12,930 | 10,217,922 | 790.25 | 2,577,108 | 199.31 |
B | 18,872 | 13,640,326 | 722.78 | 2,247,582 | 119.1 |
C | 33,167 | 18,743,472 | 565.12 | 3,516,895 | 106.04 |
注：Sample：樣本名稱。
Peak_Count：搜索到的Peaks數量。
Peak_Sum_Length：Peaks總長度。
Peak_Mean_Length：Peak平均長度。
Tag_Sum_Count，Tag_Mean_Count：支持Peak的Tags總數和平均數。
我們對得到的Peak進行長度分布統計，結果見下圖。
Peaks的長度分布直方圖
注：橫坐標為Peaks長度，縱坐標為對應長度區間的Peaks個數。
我們根據支持每個Peaks的Tags數，對其進行覆蓋度分析，結果見下圖。
Peaks覆蓋深度度的直方分布圖
注：橫坐標為Peak的覆蓋深度（Tags數量），縱坐標為對應覆蓋深度的Peaks數量。
為了直觀的展示m6A修飾位點在各染色體上的具體分布情況，我們用圖形展示m6A甲基化位點在染色體上的分布，如下圖，可直觀的看到m6A修飾在各染色體上的密度稀疏情況，整體的展示多組樣品之間m6A甲基化修飾的異同。
Peaks位點在基因組序列上的分布
注：最外圈為染色體，第二圈為正負鏈上的mRNA，第三圈為正負鏈上的其他RNA，往內依次為樣本A,B,C的Peak分布區域，縱坐標為支持Peak的Tags。
