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科研服務(wù)

全長轉(zhuǎn)錄組測序

常見問題

  • 1. PacBio測序平臺的技術(shù)原理？                                    

    利用 PacBio RS II/Sequel 進行全長轉(zhuǎn)錄組測序，平臺包含 16 個測序模塊（SMRT cell），每個 SMRT cell 包含 15 萬/100萬個測序單元（零模波導(dǎo)孔，ZMWs）。需要將 mRNA 進行反轉(zhuǎn)錄并進行環(huán)化處理，形成 CCS，每個 ZMW（零模波導(dǎo)孔）將容納 1 個 CCS 分子。由于全長轉(zhuǎn)錄組測序?qū)?mRNA 不進行打斷，直接進行上機測序，而每個 CCS 的片段長度不同，較小的 CCS 會先落入 ZMWs 中，而導(dǎo)致長片段很難測到。因此，在文庫構(gòu)建時，需要將 mRNA 根據(jù)長度分成不同的段，分別構(gòu)建文庫和測序。                                    

  •  2. PacBio測序平臺測序方案有什么推薦？                                    

    對樣本進行分段處理，構(gòu)建不同片段長度的文庫，我們推薦每個樣本構(gòu)建3-6個文庫。 建議8-15G subreads。                                    

  • 3. 全長轉(zhuǎn)錄組測序分析內(nèi)容包括哪些？                                    

    分析內(nèi)容包括：轉(zhuǎn)錄本覆蓋度計算、轉(zhuǎn)錄本功能注釋、轉(zhuǎn)錄本GO 分類注釋、轉(zhuǎn)錄本 eggNOG分類注釋、轉(zhuǎn)錄本KEGG分類注釋、ORF分析、可變剪接分析等。                                    




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