1. sc-ATAC seq與bulk ATAC seq有什么不同？
2. sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq進行聯(lián)合分析嗎？
3. 只做sc-ATAC seq可以進行細胞分群和注釋嗎？
答1：scATAC-Seq可在單細胞分辨率下鑒定染色質(zhì)的開放區(qū)域，可以得知不同細胞類型間的開放染色質(zhì)差異。bulk ATAC seq只能得到樣本中所有細胞的均值，無法區(qū)分不同樣品中同一細胞類型的開放染色質(zhì)區(qū)域或不同細胞類型間開放染色質(zhì)的差異。
答2：可以，sc-ATAC seq與sc-RNA seq聯(lián)合分析可以深入探索TF通過染色質(zhì)開放性變化調(diào)控某類細胞的某個基因轉(zhuǎn)錄表達的機制。從實驗設(shè)計上，可以一個樣本分成兩份同時分別測sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq，也可以使用10x 新推出的多組學方案，即一個細胞同時分析染色質(zhì)開放和基因表達，少量樣本即可得到多組數(shù)據(jù)。
答3：sc-ATAC seq是基于peak的信號豐度值進行單細胞聚類與分群，得到的細胞分群不依賴于基因表達，效果一般不佳，主要體現(xiàn)在分辨率偏低，一般只能將大類細胞區(qū)分開，其分群效果沒有對應的10×RNA-seq數(shù)據(jù)的好。建議是和sc-RNA seq進行聯(lián)合分析，基于已經(jīng)注釋好細胞類型的 scRNA 數(shù)據(jù)，采用 Seurat TransferData 的方法，獲得 scATAC 的細胞類型注釋。
