WGBS對于物種有什么要求？
1) 是否為低甲基化率的物種；已報道的低甲基化率的物種共有6種：果蠅、面粉甲蟲、釀酒酵母、粟酒裂殖酵母、線蟲和黃曲霉。
2) 該物種的基因組完成情況如何（影響 Bisulfite-Seq 的比對，至少至少拼接到scaffold水平，較為完整的注釋）。
3) 基因組是否存在復雜因素：GC 含量偏高、雜合度偏高、轉座子、重復區域等。
4) 物種為真核生物。
Bisulfite 處理后非甲基化 C 的 CT 轉化率是多少？
目前我們的實驗流程很成熟，能保證 Bisulfite 處理后非甲基化 C 的 CT 轉化率在 99.5%以上，確保Bisulfite 對 DNA 的處理達到生物信息分析要求。如果樣品的DNA不存在不發生甲基化的DNA作為對照（例如：擬南芥的葉綠體的DNA都是不發生甲基化），都會在樣品中混入control DNA的方法來驗證Bisulfite的轉化率。
WGBS推薦數據量多少？需要生物學重復嗎？
通常WGBS甲基化建議測序深度為30X，生物學重復為兩個。如果研究同類細胞的需要5-15X測序深度，如果需要研究區域較短的DMR需要15X以上的測序深度，如果想分析區域較長的DMR測序深度達到1-2X即可。建議如果要分析DMR至少需要兩個生物學重復。
