空間轉(zhuǎn)錄組測序和單細胞轉(zhuǎn)錄組測序一起進行的話，每個空轉(zhuǎn)的樣本都需要搭配這個樣本的單細胞轉(zhuǎn)錄組嗎？
這個按照老師的實驗設(shè)計來。如果空轉(zhuǎn)的樣本來自四個病人，那么建議每個病人做一個單細胞。如果有幾個空轉(zhuǎn)的樣本來自一個病人的同一個組織，可以這幾個樣本配一個單細胞。
空間轉(zhuǎn)錄組的前期需要進行預(yù)透化，會不會預(yù)透化的時候找不到條件呢？
對于預(yù)透化，我們已針對很多個樣本進行了測試。樣本的透化時間，其實是一個比較長的時間范圍，在那個范圍內(nèi)都可以達到很好的mRNA釋放的效果。所以一般的組織經(jīng)過預(yù)實驗摸索基本都可以找到透化時間。
空間轉(zhuǎn)錄組對于的組織大小有什么要求嗎？
空間轉(zhuǎn)錄組Visium芯片的捕獲面積為6.5mmX6.5mm，所以在選擇樣本前，首先確認好取材位置及合理的組織大小，可以保證Visium芯片的有效利用率。因此對于樣本大小，和捕獲區(qū)域比較合適，大于捕獲區(qū)域面積的樣本，可以考慮放在兩個捕獲區(qū)域。小于捕獲區(qū)域面積的樣本，很難做到一個區(qū)域放多個樣本，只能試做。
做空轉(zhuǎn)的組織確定好了，組織準備保存方面有什么要注意的呢？
獲取新鮮組織后，要對組織進行一定的處理：
1、先冷凍后包埋法：新鮮組織樣本取下后要迅速用預(yù)冷的PBS溶液或生理鹽水進行沖洗，去除組織表面殘留，然后用干凈的吸水紙吸干液體，用預(yù)冷的鑷子將新鮮組織浸沒在異戊烷，組織速凍 1min 或直至組織完全冷凍(實際冷凍時間取決于組織形態(tài)及大小)，一旦冷凍，將組織轉(zhuǎn)移到一個預(yù)冷的 WHEATON CryoELITE 低溫冷凍瓶中，并放置在干冰上。接下來冷凍組織可放置在-80℃下長期保存或立即進行下一步冷凍組織OCT包埋。
2、包埋和冷凍同時進行法：某些非常柔軟的組織（比如胚胎等），失去液體的支撐就會改變其正常形態(tài)，對于這樣的組織可采取冷凍和包埋同時進行的方法。沒有異戊烷的條件下，可以采取包埋和冷凍同時進行的方法。
