2021-06-17
一．軟件介紹
10X genomics 公司不僅為單細胞轉錄組數據分析提供了配套的 cell Ranger 軟件，同時也提供了專門的分析結果查看軟件-Loupe Cell Browser，該軟件是一個圖形界面的軟件，操作非常的方便，支持 windows 和 mac 兩種操作系統，下載地址如下：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 二、操作指南 安裝好之后，雙擊啟動，界面如下： 在收到的單細胞測序結果文件夾中找到后綴名為 cloupe 文件，通過左上角 File->Open File，或者箭頭所指直接打開，導入后綴名 cloupe 的文件，導入成功后的頁面如下： 圖片默認展示的是 t-SNE 降維后的 2D-plot，細胞的顏色根據 Graph-Based 聚類結果進行填充，對于聚類得到的 cluster，可以通過對應的顏色框（右擊選擇 Edit color 或 Edit name）來調節是否在圖中顯示以及顯示的顏色。通過選擇 Graph-Based 右側的三角形下拉按鈕可以查看其他聚類的結果，比如 K-means 聚類的結果(下圖)。 我們也可以點擊右側 Export可以導出每個細胞對應的 cluster 信息的 csv 格式文件。接下來我們把視線轉移到中下方的表格，它顯示的是feature table, 即每個cluster下顯著差異的基因列表，示意如下： 同時也可以點擊上圖紅色標出的部分進行選擇和導出差異結果，默認導出 top50 的 genes，可按照實際需要進行選擇。 在確定我們感興趣的差異基因后，我們可以基于結果繪制每個 cluster 的 top marker 的 heatmap 圖，通過點擊下圖紅框標出的部分進行熱圖的展示（左側紅框標出的按鈕）和導出完成熱圖（右側紅框標出的按鈕）。 以上這些就是該軟件的基本功能，相比網頁的顯示結果，該軟件交互式更強，可以更加方便的探究數據，具體每個按鈕的功能注釋詳見下圖。 本次Loupe Browser的基礎使用說明就分享完了，后續我們會進一步分享復雜一點的使用教程，比如如何識別細胞類型，請持續關注我們哦，這款高度個性化且方便的軟件，大家先速速用起來吧~
