PacBio Sequel系統(tǒng)軟件試劑新升級(jí)
2018-12-18
前不久，測(cè)序公司Pacific Biosciences宣布Sequel平臺(tái)推出升級(jí)版的系統(tǒng)軟件（V6.0），以及新的試劑（V3.0）和SMRT Cell（1M v3）。為客戶帶來(lái)更長(zhǎng)讀長(zhǎng)和更高準(zhǔn)確性的序列解讀，同時(shí)使得Pacbio Sequel在de novo測(cè)序、結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)及全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等方面的應(yīng)用更具優(yōu)勢(shì)。
PacBio公司的CEO Michael Hunkapiller博士說(shuō)：“客戶現(xiàn)在可以通過(guò)長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序和高度準(zhǔn)確的單分子reads的新模式享受新的功能。此外，許多用戶不再需要在讀長(zhǎng)和準(zhǔn)確度之間進(jìn)行權(quán)衡，因?yàn)樗F(xiàn)在可以帶來(lái)長(zhǎng)達(dá)15 kb的與Sanger質(zhì)量相當(dāng)?shù)男蛄小薄?/span>
派森諾基于新版本試劑和軟件(軟件V6.0、試劑V3.0)，在基因組和轉(zhuǎn)錄組層面進(jìn)行測(cè)試，產(chǎn)出和讀長(zhǎng)均得到了很大提升。
實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
基因組項(xiàng)目
在某動(dòng)物中同時(shí)用軟件V6.0、試劑V3.0和軟件V5.1、試劑V2.1進(jìn)行基因組測(cè)序，數(shù)據(jù)對(duì)比如下，可以看出新升級(jí)后的試劑V3.0總產(chǎn)出是V2.1產(chǎn)出的兩倍左右，平均酶讀長(zhǎng)一倍多。
表1：基因組中V3.0試劑和V2.1試劑數(shù)據(jù)比較
試劑版本 | 每個(gè)SMRT Cell產(chǎn)量(Gb) | 平均酶讀長(zhǎng)(Kb) | 最長(zhǎng)read(Kb) | Subreads Read N50(Kb) |
V3.0 | 18 | 23.9 | 130.226 | 36.554 |
V2.1 | 9.1 | 17.4 | 93.234 | 29.234 |
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目
在某一植物中同樣用軟件V6.0、試劑V3.0和軟件V5.1、試劑V2.1進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，數(shù)據(jù)對(duì)比如下，可以看出新升級(jí)后的試劑V3.0，運(yùn)行20小時(shí)總產(chǎn)出是V2.1，運(yùn)行10小時(shí)產(chǎn)出的近四倍，平均酶讀長(zhǎng)三倍多。
表2 V3.0和V2.1轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
試劑版本 | 每個(gè)SMRT Cell產(chǎn)量(Gb) | 平均酶讀長(zhǎng)(Kb) | Subread 產(chǎn)出(Gb) | Subreads Read N50(Kb) |
V3.0,20h | 43Gb | 65.9Kb | 8.9Gb | 8.5Kb |
V2.1,10h | 12.3 Gb | 18,7Kb | 30Gb | 9.7Kb |
PacBio Sequel測(cè)序平臺(tái)的優(yōu)異表現(xiàn)，可讓科研人員獲得周期更短、質(zhì)量更好的項(xiàng)目體驗(yàn)。派森諾生物自引進(jìn)PacBio Sequel以來(lái)，平臺(tái)運(yùn)行持續(xù)保持“通量高、周期短”的平穩(wěn)狀態(tài)，已獲得越來(lái)越多科研客戶的認(rèn)可，目前我司軟件試劑版本均已升級(jí)，歡迎各位老師咨詢。
