2015-01-20
派森諾生物與武漢植物園胡濤老師攜手合作，應用轉錄組從頭測序方法，對植物高羊茅進行了基因轉錄水平的研究，揭示了其耐高溫分子機理。作者胡濤和通訊作者傅金民關于高羊茅轉錄組測序的研究成果《An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance》于2014年12月發表在《BMC Genomics》上。
研究人員以極端耐熱和不耐熱高羊茅為研究對象，利用Illumina HiSeq 2000平臺對冷季型草坪草進行全轉錄組從頭測序分析，共獲得262 百萬條高質量的reads。經過軟件拼接組裝，共得到31,803 unigenes （最大長度為17,029 bp, 平均長度為1,840 bp，N50為2,584 bp），其中有12,974 個unigenes在高溫脅迫下表達存在顯著差異。結果顯示：在熱刺激后，這些差異unigenes主要富集在細胞分裂及細胞周期功能類中；同時，低分子的熱休克蛋白（HSP20）在兩種高羊茅中均被激活，而高分子的熱休克蛋白（HSP90）僅在耐熱型高羊茅PI578718中表達，這些結果將有助于解析高羊茅耐高溫的分子機制；同時該研究獲得了大量的表達差異的unigenes，說明利用Illumina HiSeq 2000平臺可以快速而有效地獲取高羊茅的轉錄本信息，極大的豐富了冷季型草坪草耐高溫基因資源。該研究的高通量測序和信息分析由上海派森諾生物科技有限公司協助完成。
原文索引：
[Hu T, Sun XY, Zhang XZ, Eviatar Nevo, Fu JM. An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall Fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance. BMC Genomics, 2014, 15: 1147. doi:10.1186/1471-2164-15-1147.]
文章鏈接：
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/1147/abstract
